Trò chơi lần đầu được thông báo tại sự kiện Tokyo Press Event tổ chức tại Nhật Bản vào tháng 10 năm 2008, lấy cái tên là Mario & Luigi RPG 3.[1] Một số chi tiết về trò chơi được hé lộ, bao gồm phần cốt truyện và cơ chế chơi trong game. AlphaDream, nhà phát triển hai phần trước Superstar Saga và Partners in Time, đã tạo trò chơi này cùng với những người thường đóng góp cho loạt game Mario như Yoko Shimomura và Charles Martinet, về âm nhạc và diễn xuất giọng nói. Tại E3 2009, được thông báo tên tiếng Anh chính thức của trò chơi sẽ là Mario & Luigi: Bowser's Inside Story và được phát hành vào mùa thu năm 2009 cho Bắc Mỹ, Châu Âu.